Konttien orkestrointi on prosessi, jossa hallitaan ja koordinoidaan useita kontteja sovelluksen tai palvelun tarjoamiseksi. Tärkeimpiä työkaluja tähän tarkoitukseen ovat Kubernetes, Docker Swarm ja Apache Mesos, jotka tarjoavat erilaisia ominaisuuksia organisaatioiden tarpeisiin. Oikean työkalun valinta perustuu projektin kokoon, tiimin tarpeisiin ja käytettävissä oleviin teknologioihin.